大学与其他社会机构有诸多不同，这就构成了大学诸多的独特性：大学“大”得独特、“好”得独特，在大学“教”得独特、“学”得独特，大学教师从事的是独特的学术职业，大学行政具有独特的必须性，大学有着独特的长久历史、有着独特的组织结构，等等。
　　在大学的诸多“独特”中，最为重要的在于，大学是社会存在的历史最为永久的学术共同体。美国加州大学前校长克拉克•柯尔曾列举1520年前成立、至今仍存活且前后功能相似、历史连续的约85个机构中的70个是大学。大学在历史上被西方称为“行会”，它们是“学者的行会”。20世纪中期开始又被西方称为“共同体”。耶鲁大学的历史学家丹尼尔•凯夫利斯所著《物理学家》，讲的就是一个由物理学家们书写的科学共同体的历史，书中甚至研究了基础科学是怎样从纯科学发展而来的。以笔者今天的理解，此书实际上讲的是学科共同体问题。学科共同体内学者用学科性年会或学术性奖励进行柔性连接。从有形组织的角度，若干个呈离散状态的学科共同体构成了一种“无形”的学术共同体。而多个学科共同体之间是难以依靠学科本身的力量进行组合的，大学行政应运而生。
　　大学的组织结构如同一个网格，多学科共同体是网格中的多个“结点”，行政及其活动成为多结点间的连线。若无结点，网格中各线无交汇；若无连线，各结点呈相互独立，在这两种情况下网格都无法形成，说明了学科共同体的重要和行政的必须。行政处在单学科共同体的外围、多学科共同体之间。行政的位置，表明了大学行政为大学学术提供服务，并帮助学科间实现集成。这种结点与连线之间的关系，代表着学术与行政之间的关系，并构成了大学这个特殊的组织。
　　作为社会组织中的一种，大学的职能通常被概括为人才培养、科学研究、社会服务。一方面，三职能并举使大学职能具有独特性；另一方面，即使将三职能拆分,各职能与具有相同职能的其他机构相比，大学又自有其“独特”。
　　大学有教学活动但不同于其他有教学活动的机构，包括学院。在大学里，教师在研究的基础上形成了自己的学术思想，教学不是将已问世多年的教材内容和现存知识“端”给学生。在全球化、信息化的今天，学生仅凭“剪辑”就可以得到他想要的资料。而他得不到的正是教师“鲜活的”学术思想以及这种学术思想的启迪。大学也是一座工厂，不同的是其“产品”具有思维，而思维是不分年龄和资历定胜负的。大学的教学，是将教师的学术思想融通在教学中，通过与学生的互动，让知识的闪光点和思想的创新点被学生主动地吸收、内化然后升华，成为学生自己的东西。如此而来，大学的教学活动就包含有文化传承和学术研究在内。
　　大学有研究活动但不同于其他有研究活动的机构。与科研院所比较，大学从其天性中具备“三有”：有综合的学科布局，有强大的博士生团队，有因教学互动带给师生的共同进步。与企业研发机构比较，大学也从其天性中具备“三不为”：不为利润所动，不为时间所逼，不为理论所限。“大学天性”已提出了要求，大学必须有宽广的胸怀，超前的视野，无私的作为，才可以在日常工作中践行这些职能。真正的大学，必然有以全球进步为己任、为人的发展和社会的发展作贡献的能力和魄力。若以这“三有”、“三不为”、“能力和魄力”作为边界条件，大学的科研就有了特定的区域，科研院所和企业研发机构无法替代。
　　大学为社会服务但不同于其他也为社会服务的机构。笔者一直有一个观点：社会服务不要作为与教学、研究相并列的独立职能出现。如上所述，大学通过教学培养各种各样人才，为的是社会进步；大学的研究有特定的、不为其他机构所替代的区域，为的也是社会进步。如果我们不单独强调大学的社会服务，大学的教学会始于课堂、止于课堂吗？大学的研究会开展于实验室、保存在实验室吗？大学社会服务职能的提出具有历史意义，但在历史已翻开新的页面的时候，在“为社会服务”已被教学和研究两项职能所覆盖的时候，可以着力强调大学的教学与研究职能。如此可说，大学的社会服务来自其教学和研究的合力，因其教学和研究是大学特有的，所以其产出的社会服务也是特有的。
　　还需指出的是，大学与学院不同，有些名为“大学”的机构并不一定是真正的大学。学院可以专司培训，可以有证书无学位，可以有单科或较少的多科，可以有短期的或者是间歇性的学习时间安排。而大学，一定是学历教育且以学士学位为最低层次的教育，可附加培训但一定是高层次的继续教育，一定有高水平的科学研究,且一定是多学科汇集的教育机构。除此之外，进行员工培训的“企业大学”、单科或一二个学科构成的“专门大学”、有证书无学位四年以下学制的“技术大学”或“职业大学”、进行新知识新技能的“高级培训大学”等，均不在真正的大学之列。